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Footprintdb数据库

WebNov 5, 2024 · footprintDB是一个综合性的转录因子数据库，通过整合多个转录因子相关的数据库，最终构建出一个非冗余的数据集，在该数据库中，存储了transcription factors, … WebfootprintDB是目前为止我看到的最全的转录因子数据库 [复制链接]

footprintDB数据库有什么用 - 大数据 - 亿速云

WebDec 18, 2024 · Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 http://cisbp.ccbr.utoronto.ca/ jiaxing chaote co. ltd https://viajesfarias.com

转录调控实战 一文解决转录调控问题 chIP-seq ATAC-seq

WebJan 15, 2024 · 以上是“footprintDB数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！ 相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！ http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/ WebJan 4, 2024 · 单图复现如下： 进入footprintDB主页，点击侧边栏Search菜单下Sequence进入检索页面，命名检索结果，填入有效邮件地址，检索框输入GGACTTTT，物种、数据库和结构域选择All，其他参数默认，点击Search。. 结果如下 ，复制到Excel中，数据筛选小鼠 (Mus musculus)，得到25个 ... jiaxing changken import and export co. ltd

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Category:转录因子的靶基因，看这一个数据库就够了_生信修炼手册的博客 …

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Footprintdb数据库

CIS-BP Database: Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences

WebfootprintDB是一个转录因子综合数据库，收录了8754个去冗余的转录因子，整合了JASPAR在内的9个数据库的9350个转录因子、13682个DNA motifs和35058个DNA结合 … WebNov 14, 2013 · The most populated species among footprintDB sources, as compared with TRANSFAC and JASPAR CORE, are shown in Figure 1A, together with the corresponding number of TF sequences annotated in each data source (full statistics are reported as Supplementary Material).We notice that the TF binding preferences of a few organisms …

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Did you know?

WebJan 15, 2014 · The first release contains 2422 unique TF sequences, 10 112 DNA binding sites and 3662 DNA motifs. A survey of the included data sources, organisms and TF families was performed together with proprietary database TRANSFAC, finding that footprintDB has a similar coverage of multicellular organisms, while also containing … WebNov 6, 2024 · footprintDB是目前为止我看到的最全的转录因子数据库Jimmy师兄的评价。 方法一：JASPAR+ENSEMBL GENOME BROSWER. 研究较多的转录因子在JASPAR上可以搜到，scan匹配想要分析的sequence即可。sequence可以从ensemble或者ucsc获取。 方法二：footprintDB+MEME

WebSep 3, 2024 · 手把手带你用UCSC查找心仪基因转录因子. UCSC（University of California Santa Cruz）作为生物领域里常用的 数据库 之一，整合了各 大数据 库的基因注释、基因表达、调控、变异等等各种基因组数据信息，不仅可以可视化浏览和数据挖掘，还能下载用于生信分析的fasta ... WebDec 18, 2024 · ChIP-Atlas收集整理了SRA 数据库 中的大量chip_seq数据，并基于这些原始数据进行了后续分析，将分析结果整理成在线服务并发布，方便检索与查询，网址如下. …

WebJan 13, 2024 · footprintDB是一个转录因子综合数据库，收录了8754个去冗余的转录因子，整合了JASPAR在内的9个数据库的9350个转录因子、13682个DNA motifs和35058 … http://www.biotrainee.com/thread-1215-1-1.html

WebDec 13, 2024 · 假如您想要确定一个转录因子，可以在差异基因中筛选差异表达的转录因子，而后分别预测他们的靶基因，当然靶基因也是有差异表达的，进一步可以预测这些靶基因涉及到的pathway通路或生物学过程等，这时我们或许会更能了解，哪个转录因子在所有差异基 …

WebOct 16, 2024 · footprintDB - 非常好用，当你有一段能结合DNA的蛋白序列（NCBI上通常有），就能搜出具有类似motif的TF。 什么是motif： motif是比较有特征的短序列，会多次出现的，一般认为它的生物学意义重大，做完CHIP-seq分析之后，一般都会寻找motif 。 installing blinds inside mountWebfootprintDB - a database of transcription factors with annotated cis elements (DNA motifs and sites) and binding interfaces. Updates: 07/03/2024 Moved to new server and … jiaxing coley security equipment co. ltdWebJan 25, 2024 · 本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome. 作者：小丫 来源： 嘉因 《点鼠标就能找启动子区的motif》， … jiax baby strollerhttp://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/ installing blade on stihl weedeaterWebMay 8, 2024 · footprintDB是一个综合性的转录因子数据库，通过整合多个转录因子相关的数据库，最终构建出一个非冗余的数据集，在该数据库中，存储了transcription factors, … installing blinds on andersen windowsWebJan 4, 2024 · 进入footprintDB主页(http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php)，可见该数据库最新版本于2024年12月2日更新，目前收录来自包括JASPAR在内的19个数据 … jiaxing collegeWebOct 4, 2024 · ChIP-Atlas. An integrative, comprehensive database to explore public Epigenetic dataset, including ChIP-Seq, DNase-Seq, ATAC-Seq, and Bisulfite-Seq data: ChIP-Atlas covers almost all public data archived in Sequence Read Archive of NCBI, EBI, and DDBJ with over 345,000 experiments. Watch movie introduction. installing blinds on a window